根據《薩迦世系史》記載，由文殊菩薩示現的吉祥薩迦世系，最先出自光明天界2的基仁、哦仁、才仁等三兄弟，遂有氏族名稱ལྷའི་རིགས།，意為「天人之種姓」。三兄弟應人間請求，降臨雪域，饒益眾生。其中哦仁之後代雅邦杰在一次戰役中，降伏羅剎迦仁察麥，納其妻雅珠斯禮瑪，生下一子，取名昆巴杰。是故，薩迦「昆」氏家族之名稱由此而來。

公元827年，在當時新建於雅礱河谷中的桑耶寺，第一批僧人由先驅學者寂護大師（剃度授戒。這第一批受戒的七位僧人中，包括昆氏家族成員 昆‧魯益旺波（藏：vkhon kluvi dbang po，梵：Nagendrarakshita，意譯：龍王護）。作為卓越的佛法學者和修行者，蓮花生大士、寂護大師與赤松德贊的親傳弟子，昆氏家族成員在吐蕃王朝嶄露頭角，成為佛教前弘期的棟梁。

1073年，昆‧貢卻賈波（1034-1102） 在後藏仲曲河谷，奔波山建立寺院，由於寺院建在灰白色的山坡地上，而「灰白色之地」藏語為ས་སྐྱ།，音譯即「薩迦」，蓮花生大士和阿底峽尊者都曾經預言過的地方。他們新成立的教派即與此地同名——薩迦。

薩迦派一直護持著蓮花生大士交付於昆氏家族的諸多重要修法傳承，同時，亦對後來新傳入西藏的佛教教法加以重視，尤其是四大譯師的譯作。其中最為重要的，是起源於印度大成就者畢瓦巴的「道果」教法，在西藏由 卓彌譯師進行第一次密集傳授。

在喇嘛丹巴索南堅贊（1312-1375）的時代之後，薩迦出現了支派：哦巴、總巴，以及後來的察巴；薩迦派的大寺院遍布整個藏區的安多、康區、衛藏，以及喜馬拉雅和蒙古地區。

在第22任薩迦法王貢噶索南（1485-1533）在位時期，西藏的政治動蕩威脅到了薩迦的未來。然而，由於他所開始、並由他傑出的侄子，第23任薩迦法王 貢噶仁千（1517-1584）持續施行的事業，薩迦經歷了復興，遺教得到了完整繼承。在17世紀的又一次政治動亂之後，西藏的政權中心從後藏遷至拉薩。第27任薩迦法王 蔣貢阿昧霞 貢噶索南（1597-1659），一位傑出的博學家、和平倡導者與精神領袖，與新政權建立了穩固的融洽關係，保證了薩迦的持續發展。後來，第31任薩迦法王  薩千 貢噶羅卓（1729-1783）對於保存薩迦所有深廣教法做出了極大努力。他的孫輩於18世紀建立了昆氏家族延續至今的兩個分支：度母宮和圓滿宮，分別以各自的住處命名。在近代史上，薩迦派的領導權由兩宮輪流執掌。

1959年，兩宮家族皆遷離西藏。第41任薩迦法王（1945-）在印度重新建立了度母宮與大量僧尼寺院，保存了薩迦派的傳承，令薩迦法教在全球廣為流傳。圓滿宮則由已逝的金剛持 達欽法王（1929-2016）遷至美國西雅圖，後來亦在新德里建立薩迦傳承協會作為中心。