薩迦二祖索南哲莫大學者，在西元1142年誕生於西藏薩迦縣地方；他是薩迦初祖薩千貢噶寧波的長子；弟弟則為薩迦三祖的傑尊札巴蔣稱。

相傳索南哲莫大學者出生時，印度佛陀成道處的菩提迦耶大塔門首上，有空行母寫下:

「神聖的索南哲莫大學者，文殊師利的化身，金剛乘教法的持有者，已在薩迦誕生了。」

索南哲莫一出生即用梵文說：「我已超越童稚之行」，並且以跏趺禪姿而坐，這令產房每人都驚訝不已。他三歲時面見文殊菩薩、吉祥喜金剛、綠度母及不動明王等本尊；並由記憶自然學會喜金剛本續，勝樂金剛根本續及密續金剛，而且可以往前回憶十一世。

少年時代的索南哲莫，由父親處接受許多金剛乘重要教法，並且加以深入周詳地研讀參究；未滿十七歲即能背誦四十多種密續，因而其金剛乘大學者之名遠播至印度恆河地區。索南哲莫十七歲時，對十三歲弟弟傑尊札巴蔣稱說：「我將去西藏中部學習經續及邏輯，你宜留薩迦寺，在神聖薩迦寶座上領引弟子。」於是將教主全權交付弟弟，而前往三福紐拓寺(Sangphu Neuthok Monaster)，在茶巴秋吉桑哲大學者座下學習，成為最傑出的飽學之士。

索南哲莫二十六歲時，在聖地那拉澤(Nalatse)撰述《佛法之門》，此論典清晰完整地鋪陳佛教理論與教授大綱；撰述期間不分晝夜地由大成就者毘瓦巴及其他守護本尊處，直接領受無數教法，故能迅速破解各種佛法邪見疑惑而獲得圓滿正知見。翌年，便以佛法的中流砥柱而聞名遐邇。

索南哲莫二十八歲時，在薩迦寺傳授道果，某月初一，當他正在解說法相微妙本質時，弟子們全都親見他神奇的示現；傑尊札巴蔣稱看到他示現為文殊師利菩薩坐在如海供養中，丘斯恰奇多杰(Chosay Chagkyi Dorje)看到他示現為道果始祖－大成就者畢哇巴。尼阿克(Nyak)及摩滕促透旺波(Mokton Tsukto Wangpo)與其他僧眾則看到他示現為千手千眼觀音。經過此種淨觀加持後，所有弟子在禪修上都有甚深進境。

索南哲莫在灌頂時，讓傑尊札巴蔣稱感受到由上師發出的無量光，聽到無數天樂，並在索南哲莫所變現的壇城中領受其灌頂。如此殊勝的變現，為弟子們開啟不可思議的禪修之門。索南哲莫頗能依弟子不同根性，而善巧地教授各適合的經續與密續；他是般若乘及最上乘的偉大學者；他身著黃法衣袍，象徵他在經典及哲理之解說與辯論上無人可及。

索南哲莫論述極多，這些精句教誨包括：《密續綱要》、《善說日光》、《喜金剛密續二終篇講解》、《佛法之門》、《學佛初機》、《梵文閱導》等。索南哲莫任薩迦教主三年便讓位其弟，餘生都在靜寂處研讀與禪修。經長期研修體證，無論經教與密續皆達登峰造極成就，尤其禪定力上得到最高証悟境界。

水虎年(1182)藏曆觜宿月(Ma1po)的十一日，四十一歲偉大的大學者──索南哲莫，直接往生西方極樂世界。為利益眾生，他入涅槃時有二種示視，第一種是在〈哀調祈請頌〉(Supplcation with a Mournft Melody)中的記載：神聖的兄弟倆人在初十晚間舉行薈供之後，索南哲莫未離色身即去空行母淨土(Kechari Realm)，翌晨，傑尊札巴蔣稱去兄長房內，發現只留下法衣，於是札巴蔣稱虔誠唸誦〈哀調祈請頌〉，此時法衣中生出類似蜜蜂聲音的極殊勝預言。

第二種是一位親見索南哲莫離去的老婦人所述：索南哲莫在距離薩迦很近的初密津卡(Chumik Dzingka)地方，他站在四周充滿神聖泉水的岩石上，手中牽著一隻狗，非常莊嚴地飄昇至虛空中。為讓眾生積聚功德福田，索南哲莫和狗的足印至今仍在岩石上而清晰可見，這個聖地後經偉大密咒師拿旺貢噶仁欽印證。另外還有一種說法，謂他是由初密津卡泉附近的枸壤(Gorum)圖書館昇天，故當地矗立一間藏有他神聖舍利的佛塔。如此這些記載，都直指陳索南哲莫大學者，是未離色身而去西方極樂世界；為利益我等眾生，他示現不棄身軀的涅槃，自在無礙地往生西方淨士。

註：根據現任薩迦法王開示，噶舉派－恰美仁波切(第一世)，在靜觀中去了極樂世界，他本以為可以看見許多西藏大師，結果只見到薩迦二祖索南哲莫，因為索南哲莫肉身前往西方極樂淨土，所以還保持原有西藏人形相，其它行者，都是蓮花化生，所以不能分辨。